קנאביס רפואי נחשב בדרך כלל בטוח לשימוש ותופעות הלוואי שלו קלות והן נסבלות לרוב על ידי מטופלים. עם זאת, חשוב לדעת שבמקרים מסוימים ישנן תופעות לוואי חמורות יותר, בדומה לתרופות אחרות בהן תבחרו להשתמש. תופעות הלוואי עשויות לכלול, יובש בפה, הפרעות קצב ושינויים בלחץ הדם, סחרחורת, שינויים ברמות הסוכר בדם, כאבי ראש או כאבי בטן, בעיות ריכוז, חשיבה ותפיסת מרחב וזמן.